鳥類専門の研究所。元侯爵の山階芳麿が、1932 年に東京都渋谷区南平台町の自邸に設けた「山階家鳥類標本館」を母体として1942 年に設立された。1984 年、千葉県我孫子市の手賀沼近くに移転。おもな研究は、鳥類研究の基礎となる各種の形態学的標本の収集保存、鳥類学と周辺諸分野の図書資料の収集保存、足環やその他のマーキングによって個体識別した鳥類の渡りや寿命の調査、生息数のモニタリングをおこなう鳥類標識調査、アホウドリやヤンバルクイナ等の絶滅危惧種の保全研究など。研究施設であり、一般に公開はされていないが、月1 回の所内見学会や、ジャパン・バード・フェスティバルでの「見にレクチャー」などのイベントがおこなわれている。同研究所に隣接する「我孫子市鳥の博物館」は、同研究所が我孫子に移転したのをきっかけに1990 年に建てられたもの。